기본적으로 EC2는 SSH를 지원합니다.
기존에 putty에서 만든 키가 있다면 별도의 FTP설정 없이 winscp에서 이 키로 파일 업/다운이 가능해집니다.

* winscp 링크
http://winscp.net/eng/download.php